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Localizada a 160 quilômetros de Curitiba, Guaraqueçaba pertence ao litoral norte do Paraná e está situada em meio à maior, e uma das mais bem preservadas, áreas de Mata Atlântica do Brasil, região conhecida como Mosaico LAGAMAR.
A Mata Atlântica é considerada um dos biomas mais ameaçados do mundo, possuindo apenas 8,5% de sua cobertura original em remanescentes florestais (acima de 100 hectares) e cobrindo, hoje, 0,8% da superfície terrestre. Ainda assim, segundo o Instituto SOS Mata Atlântica, o bioma apresenta mais de 5% das espécies de vertebrados e cerca de 5% das espécies vegetais encontradas no globo. Boa parte da biodiversidade encontrada na Mata Atlântica é endêmica, ou seja, ocorre exclusivamente dentro deste bioma.
Guaraqueçaba, em tupi-guarani significa “local do Guará”, ou “local onde dorme o Guará”, uma ave habitante dos manguezais bastante chamativa por sua coloração vermelha. O Guará esteve extinto por um tempo da região, mas hoje voltou a habitar a baía de Guaraqueçaba, sendo cada vez mais comum de ser avistada em grandes bandos, especialmente no final da tarde, quando se reúne nos chamados dormitórios.
Uma espécie indicadora, que demonstra a importância da preservação da área de mangues de Guaraqueçaba é o Gavião Caranguejeiro. Originalmente encontrado por mangues de toda a encosta brasileira, agora somente pode ser visto em alguns pontos da região norte e nordeste do Brasil e, mais ao sul, somente na Baía de Guaraqueçaba e Paranaguá.
Outra espécie bandeira é o Papagaio-de-Cara-Roxa. Endêmica da região, tem sua distribuição restrita ao litoral sul de São Paulo e litoral do Paraná. Sua distribuição original ia até o litoral norte do Rio Grande do Sul, de onde já foi extinto, bem como do estado de Santa Catarina.
